5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu, Kamu İç Kontrol Standartları Tebliği ve Maliye Bakanlığınca yayımlanan İç Kontrol Standartlarına Uyum Genelgesi doğrultusunda Bakanlığımızda İç Kontrol çalışmaları yürütülmektedir.
Bu kapsamda 2017-2018 yıllarını kapsayan İç Kontrol Eylem Planı 31.01.2017 tarih ve 612.01.01-10 sayılı Müsteşarlık Makamı Onayı ile yürürlüğe girmiştir. Yürürlüğe giren İç Kontrol Eylem Planı kapsamında İl sağlık müdürlüklerince eylem planında yer alan sorumlu oldukları eylemlere yönelik çalışmalarını 3'er aylık periyotlarda ilgili merkez birime, merkez birimler ise eylem planında yer alan eylemlerin gerçekleşme durumlarına ilişkin çalışmalarını, il sağlık müdürlüklerinden gelen çalışma ile birlikte 3’er aylık periyotlarda Strateji geliştirme Başkanlığına raporlayacaklardır